乌干达位于东非高原,地跨赤道,是个内陆国家。北接苏丹,东邻肯尼亚,南与坦桑尼亚及卢旺达交界,西与刚果(金)接壤。平均海拔1000~1200米,中部平坦,西部、东北部和东部边境均为山地。玛格丽特峰是全境最高峰,非洲第三高峰,海拔5109米。
东非大裂谷的西支纵贯西部,谷底河湖众多。水域面积4400平方公里,约占国土面积的18.2%,有“高原水乡”之称。主要河流有维多利亚尼罗河、艾伯特尼罗河、阿苏瓦河、卡富河和卡通加河等。乌干达拥有43%面积的维多利亚湖是世界第二大淡水湖,也是世界上最大的淡水鱼产地之一,还有艾伯特湖、爱德华湖、乔治湖等。
大部分地区属热带草原气候,从埃尔贡山到维多利亚湖沿岸有热带雨林气候的特点。